Όπως παραδέχτηκε, το Wikileaks βρέθηκε σε ιδιαίτερα δυσμενή οικονομική θέση το 2009 και ήταν στα πρόθυρα να πρέπει να αναστείλλει τισ δραστηριότητές του. Όμως το 2010 επανέκαμψε τροφοδοτώντας τα ταμεία του με περισσότερο από ένα εκατομμύριο δολάρια.
Η προστασία των πηγών τους έχουν χαρακτήρα άκρως απορρήτου, προστατεύοντας και αυτούς που συνεισφέρουν οικονομικά όσο και αυτούς που παρέχουν πληροφορίες.
Η βάση της οικονομικής διαχείρισης βρίσκεται στην Γερμανία όπου έχουν ιδρύσει έναν οργανισμό. Οι νόμοι στην Γερμανία απαγορεύουν την αποκάλυψη από τις υπηρεσίες της ονομάτων που χρηματοδοτούν οργανισμούς.
Το Wikileaks είναι δηλωμένο ως βιβλιοθήκη στην Αυστραλία, ως οργανισμός στην Γαλλία και ως εφημερίδα ημερήσιας κυκλοφορίας στην Σουηδία. Έχει επίσης δύο οργανισμούς μη κερδοσκοπικού χαρακτήρα στις ΗΠΑ.
Σϋμφωνα με τον εκπρόσωπο του Wikileaks, Daniel Schmitt, απαιτούνται περίπου 200.000 δολάρια ετησίως για την λειτουργία του. Τα έξοδα αυτά αφορούν κυρίως σε servers και άλλον εξοπλισμό, όπως επίσης σε ταξίδια και διαχειριστηκά έξοδα.
Πέντε άτομα εργάζονται σε μόνιμη βάση χωρίς όμως να αμείβονται. Αν θα πρέπει να αρχίσουν να πληρώνουν μισθούς, τότε τα ετήσια έξοδα θα ανέλθουν στα 760.000 δολάρια.
